Uusi luokitusjärjestelmä transposonien tunnistamiseen
12.11.2007
MTT:n ja Helsingin yliopiston Biotekniikan instituutin tutkija Alan Schulman on kehittänyt yhteistyössä kansainvälisten yhteistyökumppaniensa kanssa ensimmäisen yhtenäisen luokitusjärjestelmän genomin liikkuvien elementtien, transposonien, tunnistamiseen. Järjestelmä perustuu transposointiin, sekvenssien samankaltaisuuteen ja rakenteellisiin yhtäläisyyksiin.
Transposonien nimistö, moninaisuus sekä suurien sekvenssitietomäärien julkaisunopeus, elementtien tunnistaminen ja selittäminen tarjoavat tutkijoille valtavan haasteen. Uuden järjestelmän tarkoituksena on tuoda selkeä ja nopea tunnistamis- ja luokitusjärjestelmää genomien liikkuvien elementtien merkitsemiseen ja selittämiseen.
Tietämyksemme genomien rakenteesta ja koostumuksesta lisääntyy samaa vauhtia niiden sekvensoinnin kanssa. Merkittävä osa aitotumallisista genomeista rakentuu liikkuvista elementeistä, jotka voivat kattaa jopa 80 prosenttia kasvigenomeista ja 45 prosenttia eläingenomeista.
Liikkuvista elementeistä ja niiden vaikutuksesta genomien rakenteen muuttumiseen tiedetään vielä melko vähän. Koska ne siirtyvät paikasta toiseen, siirtävät geenien osia uusiin paikkoihin ja yhdistyvät taas genomissa, niillä uskotaan olevan suuri merkitys genomien kehitykselle ja geneettiselle moninaisuudelle.
Lisätietoa järjestelmästä: www.wikiposon.org