Mikrosirutekniikalla tietoa syöpäkasvaimesta
2.10.2008
Vuosittain ympäri maailmaa suoritetaan tuhansia mikrosirukokeita, jotka tuottavat valtavan määrän tietoa, jonka analysointiin tarvitaan uusia menetelmiä. Tampereen teknillisen yliopiston tutkija Reija Autio kehitti väitöskirjatyössään laskennallisia menetelmiä mikrosirudatan analysointiin syöpätutkimuksessa.
Mikrosirutekniikalla voidaan mitata tuhansien geenien arvoja yhtäaikaisesti. Tekniikasta on viime vuosikymmenen aikana tullut erottamaton osa modernia biologista tutkimusta ja sitä käytetään esimerkiksi syöpätutkimuksessa geenien ilmentymisen mittaamiseen. Syöpätutkimuksessa on tärkeää löytää geenit, joiden ilmentyminen on muuttunut normaalikudokseen verrattuna, sillä tällaiset geenit voivat liittyä syövän kehittymiseen.
- Jos nämä tuhannet julkaistut mittaustulokset pystyttäisiin yhdistämään toisiinsa, voitaisiin niistä saada uutta tietoa myös muihin tarkoituksiin. Tällöin kymmenien eri syöpäkasvainten keskinäinen vertailu ja useiden tutkimusten tulosten yhdistäminen olisivat mahdollisia. Geenien ilmentymistä eli ekspressiota mittaavia mikrosiruja on kuitenkin useita, ja niillä mitattu data ei ole sellaisenaan vertailukelpoista keskenään”, Reija Autio toteaa.
Väitöskirjatyössään Autio on kehittänyt menetelmän, jonka avulla voitiin yhdistää lähes 10 000 ihmisestä otettujen näytteiden geeniekspressioarvot. Tämä data sisältää näytteitä kymmenistä erilaisista syöpäkasvaimista ja normaaleista kudoksista. Dataa varten on rakennettu tietokanta, joka mahdollistaa geenien arvojen tutkimisen yhtäaikaisesti läpi kaikkien näiden kudosten.
Geenien ekpressioarvomuutosten lisäksi kopiolukumuutokset ovat ominaisia syöpäkasvaimen soluille. Autio kehitti väitöskirjatyössään CGH-Plotter ohjelman geenien kopiolukuarvojen analyysiin. Ohjelma oli valmistuessaan ensimmäinen ohjelma, jolla voidaan löytää kopioluvultaan muuttuneet geenit laskennallisesti. Sitä on käytetty useissa tutkimuksissa ympäri maailman syöpänäytteistä mitattujen datojen analysointiin. CGH-Plotterin avulla on löydetty useita potentiaalisia syöpägeenejä ja kasvaimia ehkäiseviä geenejä muun muassa kivessyövässä, rintasyövässä sekä kaulan ja kurkun alueen syövässä.